Universität Regensburg

Rainer Spang

Anschrift:

Leistungsprofil:

• Medizinische Bioinformatik und Biostatistik
• Analyse von genomics, transcriptomics, proteomics und metabolomics data
• Medizinische Diagnostik mit genomischen Profilen
• Analyse onkogener Signalwege
• Analyse von NGS Daten, Analyse von Microbiomdaten

• Entwicklung statistsicher Methoden zur Analyse Molekularer Signalwege in Tumoren --- Nested Effects Models
• Entwicklung vom Methoden zur Molekularen Klassifikation von Tumoren
• Entwicklung statistischer Methoden zur Diagnose von Signalwegstörungen --- semi supervised learning
• Entwicklung von Methoden zur medizinischen Diagnose mit genomischen Profilen --- personalized medicine

• Computer
• Bleistift und Papier

Publikationen:

• Jacob J, Jentsch M, Kostka D, Bentink S, Spang R, Detecting hierarchical structure in molecular characteristics of disease using transitive approximations of directed graphs. Bioinformatics, 2008 24: 995-1001
• Bentink S, Wessendorf S, Schwaenen C, Rosolowski M, Klapper W, Rosenwald A, Ott G, Banham AH, Berger H, Feller AC, Hansmann ML, Hasenclever D, Hummel M, Lenze D, Möller P, Stuerzenhofecker B, Loeffler M, Trümper L, Stein H, Siebert R, Spang R, Pathway activation patterns in diffuse large B-cell lymphomas, Leukemia (in press)
• Kostka D, Spang R., Microarray Based Diagnosis Profits from Better Documentation of Gene Expression Signatures. PLoS Computational Biology 4(2):e22
• Markowetz F, Kostka D, Troyanskaja O, Spang R, Nested Effects Models for High-Dimensional Phenotyping. Bioinformatics 23(13):i305-12. (ISMB 2007)
• Scheid S, Spang R, Compensating for unknown confounders in microarray data analysis using filtered permutations. Journal of Computational Biology, 2007 14(5):669-81
• Lottaz C, Toedling J, Spang R, Annotation-based distance measures for patient subgroup discovery in clinical microarray studies Bioinformatics, 2007 23(17):2256-64
• Jäger J, Spang R, Selecting normalization genes for small diagnostic microarrays. BMC Bioinformatics, 7:388
• Hummel, Bentink, Berger, Klapper, Wessendorf, Barth, Bernd, Cogliatti, Dierlamm, Feller, Hansmann, Haralambieva, Harder, Hasenclever, Kühn, Lenze, Lichter, Martin-Subero, Möller, Müller-Hermelink, Ott, Parwaresch, Pott, Rosenwald, Rosolowski, Schwaenen, Stürzenhofecker, Szcepanowski, Trautmann, Wacker, Spang, Löffler, Trümper, Stein, Siebert A Biological Definition of Burkitt Lymphoma Derived From Transcriptional and Genomic Profiling. New England Journal of Medicine 354(23), 2419-30, 2006
• Markowetz F., Bloch J., Spang R., Non-transcriptional pathway features reconstructed from secondary effects of RNA interference. Bioinformatics 21, 4026-4032, 2005

Kooperationsangebot für die Wirtschaft / Praxis:

• Analyse hochdimensionaler genomischer Daten
• Molekulare Diagnose

Bestehende Kooperationen: